占口腔中可培养微生物的1%左右，包括唾液链球菌、鼠李糖乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、瑞士乳杆菌、短乳杆菌、乳酸乳杆菌、双歧杆菌、副干酪乳杆菌等。

占口腔中可培养微生物的99%，包括有害菌变异链球菌(龋齿)、韦荣球菌(龋齿)、黏性放线菌(龋齿/牙髓和根尖周感染)、中间普氏菌(牙髓和根尖周感染)、牙龈卟啉单细胞菌(牙周炎/口臭)、口腔球菌(龋齿)、聚核梭杆菌(牙髓和根尖周感染/牙周炎)等。

口腔中的细菌并不是一成不变的，清晨时其计数最高，刷牙、早餐后计数下降，此后计数逐渐增高，午餐前又达到一个小的高峰。午餐后再次下降，至晚餐前重现午餐前的模式。夜间经过长时间的培养，细菌迅速生长繁殖，于清晨再次达到高峰。

口腔中没有特异性的致龋菌，引起龋病发生的细菌属于口腔的正常菌群，正常情况下口腔细菌与人体之间处于动态的生态平衡。各种因素造成平衡的破坏，正常细菌成为条件致病菌，引发龋病。龋病发生是口腔生态失调的结果。

正常菌群的在龈下定居，其中某些毒力比较大的细菌出现频率高，所占数量比例也高，并具有干扰宿主防御系统的能力，这些细菌侵害了口腔环境导致牙周疾病的发生。

80%的口臭都是口腔问题引起的，还有小部分来自胃部和消化道。现代医学认为，口臭是由于口腔有害菌——厌氧菌过度繁殖，分解消化口腔内食物残渣、细胞、有机物和血液，产生挥发性的硫化物所致。若没有养成良好的刷牙习惯，比如说晚上不爱刷牙，这样食物软垢就会在口腔内发酵，进而引起口臭。口臭问题若不及时处理，还会引起牙周病。所以，要坚持早晚刷牙并清理舌苔，那么口臭问题将很快得到改善。